20世纪60年代，香港监狱乌烟瘴气，警匪一家，腐败横生。曾经专门为江湖兄弟打官司的律师陈兆康（吴镇宇 饰），在帮助资深小混混红孩儿（梁焯满 饰）打官司的过程中突发意外，导致出手伤了警察，结果两人双双锒铛入狱。典狱长（徐锦江 饰）和狱头食人鲳（龙方 饰）只手遮天，横行霸道，经常为了一己私欲对犯人大打出手。陈虽然看不惯他们的所作所为，却无能为力。而牢房内鱼龙混杂，各方势力云集，有人想对陈律师动手，有人则要一心维护，纷争一触即发。原本一身正气的陈律师显得格格不入，狱警和犯人又沆瀣一气对他进行整治殴打。
　　想要独善其身，万般艰难……

亚杰今年23岁，勇猛过人，在社团内是数一数二的出位份子。年前的一个深秋，亚杰回家时，发现杰姐丽被其父强奸，原来从小以来杰父以多次强奸丽，形成丽自小便有自卑及自闭的性格，杰亦因此特别宠爱丽，眼前丽再被后父欺负，杰一时错手将其后父杀死，从此杰便在江湖消失，在狱中渡过了数年。 一天，当杰正在宵夜之际，一名少女被数名飞仔调戏，她逃跑时，不慎将杰之小巴撞倒，少女主动要求赔偿杰，二人便就此相识了，而这位少女正是富商何立人之女何佩仪。佩仪因刚从国外回港渡假，想不到却邂逅了杰，也因此改变了二人的命运。

清朝末年，官吏贪腐，民不聊生，在浙江地方上，有一位蒙面侠士“铁猴子”，两年来劫富济贫，令卖官鬻爵的历任知府叫苦不迭。铁猴子在白天的身份是大夫杨天淳(于荣光 饰)，杨大夫妙手仁心，深得乡邻爱戴。知府为抓捕铁猴子，不惜拷打众多不相干群众，路经此地的黄麒英（甄子丹 饰）、黄飞鸿父子不慎卷入其中，知府见黄麒英身手过人，扣押飞鸿要挟其捉拿铁猴子，黄麒英与铁猴子交手后惺惺相惜。不久朝廷钦差抵浙，听闻铁猴子“作乱”之举后施展大力金刚掌将其击伤，原来这钦差的真实身份是少林叛徒衍空（任世官 饰），身为少林弟子的黄麒英联合铁猴子，誓为少林清理门户。

　　温文与妻用积蓄到广西旅行，怎知，他们参加了一个专偷运国宝之旅行团。行程中，公安发现了他们的偷运行动，文被领队嫁祸；并哄骗文代为认罪，假称只是罚钱便会释放。文受骗入狱，与囚犯丁牛与邝伟丰结成好友。文妻为求文出狱而被奸商姚星所杀，文得悉后，请求牛和丰等人协助逃狱，往找姚星寻求真相及为妻报仇。

　　香港九龙区旺角混混阿杰（刘德华）做事利落重情义，颇有老大风范，为了照顾做事冲动又好面子的小弟乌蝇（张学友），他不停地在各种大小麻烦中周旋，甚至不惜为乌蝇与黑道狠角色（万梓良）结仇。
　　阿杰表妹阿娥（张曼玉）前来旺角看病暂住他家，两人慢慢互生情愫，但因为担心自己的身份最终会给阿娥带来伤害，阿杰选择了将心事埋藏。待阿杰明白真情抑压不住想对命运做番抵抗时，乌蝇却再次因好面子面临生命危险，于是一道友情与爱情必选其一的难题重又摆在阿杰面前。

在香港，提起赌术，没有人能不想起沙家。沙家是赌术世家，每代传人都是大名鼎鼎的赌王。到了沙通（宗华 饰）这一代，他更是将沙家的赌术发扬得淋漓尽致。年纪轻轻的他早已赌遍香港无敌手，赢得了“赌王”的称号。少年得志的沙通却一直有块心病挥之不去，那就是他的师傅此前遭“牌霸”石天（陈观泰 饰）的陷害，遭到了十年牢狱之灾。如不能为师报仇，沙通这个赌王怎么都当得不是滋味。石天会乖乖坐着等着沙通前来报仇吗？

香港政府实施即捕即解措施，以压抑内地偷渡来港的非法入境人潮，而内地父母把子女偷渡到香港，往往付出金钱，而常有人财两失的情况。一群小童在一次偷渡中相识，但及后却各有不同的遭遇。有的当上深圳酒楼洗碗工人；有的苦无亲朋，只有回乡静候下次机会；有的很快便有亲机会偷渡。与此同时，没有人想到香港政府，会与内地政府协商下，决定特赦一天，让已匿藏香港的小人蛇能获得登记，成为香港居民。这群小童的父母，各有不同的处境，有的如坐针毯，苦却没有足够金钱，去令子女乘时偷渡来港；有的却联络不上父母，只有不惜一切，用尽各种方法，越过华界。急至千山万水赶至移民局登记，却原来已是为时已晚...，最后，这群小童他日能否在香港重聚，再续这巧合的缘份？还是天各一方，永缺于人海中？

1997年，用功读书且孝敬寡母的阿霆（陈伟霆 饰）和早早便混社会的阿祥（曾国祥 饰）、阿栋（徐伟栋 饰）是自幼长大的好朋友。因做小生意的霆母被人欺负，阿祥等人叫来大哥耀文（谭耀文 饰）相助。文哥是黑道响当当的人物，当年曾一夜之间横扫油麻地，但却甘心经营一家小水果摊。见识了文哥的义气，阿霆决心拜入其门下，希望早日赚大钱孝敬父母。经过多年的打拼历练，阿霆逐渐成长为足以独当一面的少壮派人物。他代大老板王波（卢海鹏 饰）收账，由此与富家千金Michelle （诗雅 饰）相识相恋。风光无限的阿霆惹到同门前辈火爆明（林利 饰），不仅遭到残酷毒打，连恋情也出现转机。这一事件促使他的内心世界以及黑道格局发生天翻地覆的变化……

　　重案组布网围剿国际毒枭，突然杀出一组蒙面悍匪“黑吃黑”，更冷血屠杀众警察。重案组督察张崇邦（甄子丹 饰）亲睹战友被杀，深入追查发现，悍匪首领竟是昔日战友邱刚敖（谢霆锋 饰）。原来敖也曾是警队明日之星，而将敖推向罪恶深渊的人，却正是邦。宿命令二人再次纠缠，一切恩怨张崇邦如何作出了断……

英雄警察陈家驹（成龙 饰）又回来了。不过，性格火爆、直言不讳的他这次因为不满意上司放走了一个极其危险的重犯而和上司吵翻了，愤然辞职。脱离了警察生活的家驹和女友去旅行期间，一间电话公司遭到了炸弹恐吓，本性难移的家驹马上赶到了现场，着手调查案件。

阿保（雷宇扬 饰）、阿东（陈小春 饰）、螳螂（郑浩南 饰）、勇仔四人是社团内的刀手，专事清除社团的敌对人物。四人入行多年，在社团内地位颇高的同时也要面对无休止的杀伐跟其他社团的敌视。阿东行事稳重，投资各类事业，为几位兄弟的未来多有筹划；阿保做事极端，为螳螂出头得罪了尖沙咀大哥蛇皮，阿保发现女友艾薇（蒙嘉慧 饰）与阿东的暧昧视频，兄弟感情出现了嫌隙。阿东等人谋划除掉蛇皮，却被老大公子（曾江 饰）向警方出卖，侥幸逃脱的阿东、阿保放弃偷渡，返港为死去的手足报仇。

　　1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。
　　1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。

黑道大哥宝（徐克 饰）为人凶暴，却有一个慢性子老好人亲弟弟雄（曾志伟 饰）鞍前马后，雄连女友被人夺走这种事也要宝出面抻头。宝犯罪事发即将入狱半年，他在服刑前嘱托雄照顾好老情人萍（李殿朗 饰）和小情人咪咪（李丽珍 饰）。雄一照面就被萍给了下马威，又卷入她和高利贷团伙的纷争，两人脱身后匆匆赶赴日本寻找咪咪，发现咪咪的处境也颇为棘手，雄为帮两个大嫂脱身绞尽脑汁，另一方面又要各种欺瞒来防止她们发现彼此的身份。三人回到香港后事情终于败露，萍大哭大闹却被宝喝止，在等待宝出狱的日子里，雄与咪咪之间产生了感情，但如何去面对大哥，又成了雄无法化解的心结……

　　城市中扑朔迷离的人物关系和事件始末。一洗黑钱罪犯被押送回港，职业杀手曲（吴彦祖 饰）将其枪杀后逃逸，背后主谋是洗钱集团首领饶天颂（罗嘉良 饰），但他的儿子也同时被其它神秘人物拐走。案情开始变得千头万绪。这个案件，交由了警察孙（郭富城 饰）负责，孙一向倒霉，这次最令他意外的是，他竟然发现饶天颂的律师杜厚生（郑伊健 饰）有一个叫Amy（李心洁 饰）的妻子，像极了十年前失踪的女友。这一切，让他倾注大量心血在案件调查上。然而，对这桩案件感兴趣的，除了孙，还有杀手曲。他们各有心事，步步为营，在错综复杂的关系和事件中拉扯争斗。

故事梗概

许怀谷（许冠文 饰）专职为人算命，但他实际上不过是预先搜集了客人的资料而且利用了客人的心理，被人称为神算。税务局局长夫人疑心丈夫有外遇前来占卜，竟然让许怀谷猜中了疑似局长情人的名字。局长遭到妻子责骂后，决定派出评税员邱浩基（黎明 饰）调查许怀谷的收入。调查期间，许因为头部受伤得了超能力，接触到别人手脚便能看到对方的将来。浩基为了升职便要求许怀谷接近商人洪森，希望能找到他瞒税的证据。开始时候洪森处处回避，当知道许怀谷是个神算后，便重金礼聘二人。浩基借此机会彻底调查洪森……

Laughing（谢天华 饰）本认是警方的卧底，但政因为一择宗贩毒案件，被警司潘SIR（黄日华 饰）追捕。　　其实Laughing加入警队之前，本就是个黑帮成员，一直跟随其老大一哥（黄秋生 饰）在道上打拼。一哥对Laughing照顾有加，Laughing视一哥有如亲兄。一哥为了保护自己的地盘及非法生意，竟要求Laughing投考警队，让他可以掌握警方行动。　　Laughing在警校成绩优异，可惜天意弄人，他根本没机会待在警队，因为反黑警司冼SIR（元彪 饰）被Laughing的黑道气味所吸引，竟指派他做卧底探员。就这样，Laughing竟成了双重卧底，一哥也乐得Laughing被送进社团去对付自己的同门座头（吴镇宇 饰）。在这已经复杂的状况下，一件事情令Laughing的处境更复杂，他竟爱上了座头的妹妹Karen（陈法拉 饰）。　　面对法治、恩义、感情的抉择，Laughing将如何自处？无论选择哪一边，都是一场变节，Laughing最后将投向哪一方？

　　剧情讲述高天立（任达华饰）被陷害而走头无路，于是被逼绑架仇家的女儿雷芷兰（邱淑贞饰），在取赎金期间却与芷兰孕育出感情，此时，天立更惨遭探员陈森（尹扬明饰）嫁祸而成为杀人犯。两人于是决定带着他们的婴孩闯荡江湖。

大B（李修贤 饰）在台湾做走私钻石生意，当地黑帮试图要大B涉毒令他渐生退意，和搭档阿坤先后返回了阔别三年的香港。大B的到来令母亲和小弟嘉华（郭富城 饰）又喜又忧，虔诚的母亲担忧大B 的江湖习气，但一家人终于冰释前嫌，一同搬入了大B购买的新宅。大B与女友小红（张敏 饰），连同好兄弟阿坤、超人（成奎安 饰）借高利贷盘下舞厅经营，在演艺学院就读的嘉华正好借此舞台大放光彩。大B为了帮弟弟的前程助力，在嘉华报名歌唱比赛时出面威胁评委，结果适得其反，使嘉华落选。受威胁的评委报警求助，使大B的舞厅遭到警方搜查，在舞厅中贩毒的阿坤连累大B再次入狱，不堪如此打击的母亲病重故去。嘉华为大哥的行为深感愤怒，兄弟俩分道扬镳……

　　民国时期，国内最大的兵工厂发生离奇命案，死者被“幽灵子弹”所杀——犯罪现场找不到弹头。一时之间，疑云密布，人心惶惶，此案堪称民国第一奇案。此案交由警局内负责管理档案的政务警察松东路调查（刘青云 饰），担任文职的松东路既不会拳脚功夫也不懂如何开枪，却思想缜密，对破疑难杂 案有独特方法。一心为民除害的热血警探郭追（谢霆锋 饰）不容于警局贪污腐败氛围，联手松东路调查此离奇命案。
　　如何开枪不用子弹？如何让子弹在穿入肉体的时候消失？松东路和郭追在枪和子弹上做了各种各样的研究，包括向猪身体发射盐子弹、冰子弹等等，却没有任何满意的结果。随着案情调查深入，两位警探抽丝剥茧地发现恐怖阴森的杀人密室和离奇的造弹装置，其诡异程度让经验丰富的松东路也瞠目结舌。就在“幽灵子弹杀人”真相揭开之际，松东路、郭追却接二连三遭人追杀，警察小五（井柏然 饰）在开枪掩护松东路、郭追逃亡之时惨死。结案期限迫在眉睫，算命姑娘小云雀（杨幂 饰）不经意间透露出“幽灵子弹”惊天秘密……

本片為賣座電影系列《香港奇案》的第三集，分兩個故事，各有不同的幕前及幕後班底。第一個故事「老爺車縱火案」，由于榮及顧冠忠主演，描述無牌色情場所起火，釀成傷亡慘劇，警方疑是縱火案；第二個故事「法網難逃」，由凌雲及王鍾主演，描述一位探長被歹徒殺害，警方懸紅五萬元緝兇……

　　香港商界头面人物何森，以做生意为幌子，借内地某厂优质免检化工产品出口之机，不断将从我国西南边境贩来的毒品偷运进港。为彻底捣毁这个国际贩毒集团，香港警署派韦南、李彤来内地协助破案。何森与毒贩尹大华密谋，让走私匪徒化装成我边民，兵分两路声东击西偷运毒品入境。另一面，韦南、李彤遇到了重重困难，先后受伤。
　　通过媒体的报道，何森误认为李彤、韦南已死，便大胆行动起来，决定亲自去毒穴云峰厂验货。李彤擒匪心切，一人乘车前往砖瓦厂，中了毒贩的圈套。生死关头，特警队长赵杰及时赶到救下李彤。
　　云峰砖瓦厂的地下秘道里，一伙匪徒在紧张地包装海洛因，何森与两个外国买主正讨价还价。赵杰率众冲入秘道，毒贩被一网打尽，匪首何森被李彤捉拿归案。